Екологичният научно-образователен център към Зоологическа градина – София е създаден през 1998 година. Той се намира в едноетажна сграда в близост до експозицията на понитата в зоопарка. Центърът разполага със зала за прожекции и лекции с капацитет около 30 души. В сградата се отглеждат и животни, които са подходящи за образователните дейности на центъра.

Основните цели и дейности на Екологичния център са:

• Организиране и осъществяване на екологично образование в Столичния зоопарк. Екипът на центъра създава уникални програми и материали за екологично образование в зоопаркови условия и работи с ученици и студенти.
• Организира информационни кампании, свързани с различни видове животни, насочени към посетителите с цел повишаване на техните познания за дивия свят и изграждане на природозащитно самосъзнание.
• Участва в провеждането на научни изследвания на национално и международно ниво, помага на ученици и студенти, като им съдейства за провеждане на научни разработки (реферати, дипломни работи и др.).
• Координира доброволческата програма на зоопарка.
• Създава всички информационни материали за зоопарка – информационни табели за видовете, образователни табла, брошури, фотоархив, видеоклипове и др.
• Работи с Неправителствени природозащитни организации, като организира съвместно с тях кампании и образователни дейности в зоопарка.
• Осъществява и инициира проекти, свързани с природозащитна дейност на зоопарка.
• Организира и провежда обучения на персонала на зоопарка.
• Работи с организирани групи ученици от 1-ви до 12-ти клас по предварителна заявка, като предлага провеждане на тематичен образователен тур или презентация (на български или английски език) за група до 30 ученици.